Diversity of pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis airways

Mange tidligere undersøgelser af udviklingen af de dynamikker, som finder sted i populationer af bakterien P. aeruginosa i luftveje hos patienter med cystisk fibrose har været baseret på at studere indsamlede enkelt isolater (enkelte bakterier) over tid. For nyligt er der blevet stillet spørgsmålstegn ved denne fremgangsmåde.

Formålet med dette studie er, at bestemme om udviklingen af det enkelte isolat repræsenterer den udvikling og tilpasning, som finder sted for alle pseudomonas bakterierne i cystisk fibrose patientens luftveje. Vi har indsamlet sputum materiale (opspyt med lungeslim) fra 4 patienter, der også tidligere har været brugt i studier af enkelt isolater over tid. Ved at sammenlige udviklingen for enkelt isolater med et metagenom (alle pseudomonas bakterierne i patientens sputumprøve) har vi set en signifikant sammenhæng i den genestiske måde som bakterierne udvikler sig på. Vores resultater viser, at den evolutionære udvikling fundet ved analysen af enkelt isolater er afspejlet i metagenomet fra samme P. aeruginosa population i samme patient. Derfor ser vi ingen grund til at tvivle på resultater fundet ved genom analyser af indsamlede enkelt isolater over tid.